Film ini berkisah tentang seorang gadis misterius bernama Éclair yang muncul di hadapan Fairy Tail, serikat penyihir paling terkenal di dunia. Dia kehilangan semua ingatannya, kecuali keharusan bahwa dia harus memberikan dua Batu Phoenix di suatu tempat. Batu-batu dapat mengeja keruntuhan dunia sihir, dan Natsu, Lucy, dan sisa serikat Fairy Tail terperangkap dalam intrik.